Il bombardamento del 24 luglio 1943, oltre alla chiesa di San Francesco, investe Piazza Malpighi, che sarà colpita nuovamente il 25 settembre 1943 e il 22 marzo 1944. Centrati anche Palazzo Beccadelli e Palazzo Pellegrini, al civico 4, Porta Nuova è solo sfiorata dalle bombe mentre gli edifici ai lati distrutti (Palazzo Pellegrini è uno dei molti esempi in città in cui la ricostruzione avviene nel rispetto della struttura originaria).
Dopo il 24 luglio 1943 il timore dei bombardamenti provoca il fenomeno dello sfollamento: molte famiglie si trasferiscono fuori città, in località non interessate dalle incursioni aeree. Alcune categorie di lavoratori sono costrette a restare in città, ma in parecchi casi il resto della famiglia viene comunque allontanato e raggiunto, se possibile, la sera.
Secondo stime dell’epoca tra l’estate e l’autunno 1943 la popolazione cittadina si riduce da 318.000 abitanti del 1940 a meno di 200.000. Lo sfollamento cessa e il flusso si inverte a partire dalla fine di agosto 1944, quando le campagne bolognesi, divenute teatro dell’avanzata alleata e delle razzie tedesche, offrono minore protezione dei centri urbani. Alla fine della guerra Bologna conterà 500.000 abitanti.