Il giorno successivo all’Armistizio, nel pomeriggio del 9 settembre 1943, alcuni ufficiali nazisti occupano il Grande Albergo già denominato Baglioni che diventa la prima sede del Comando Militare Tedesco (Platzkommandantur).
Sulla facciata del palazzo viene posta la bandiera con la svastica. Nei mesi successivi il palazzo diventa luogo di ritrovo dei nazifascisti, mentre i comandi tedeschi si spostano in altre zone della città.
Nella notte fra il 28 e il 29 settembre del 1944 la Resistenza vi compie un attentato esplosivo parzialmente fallito; episodio che si ripete poche settimane dopo, nella notte fra il 17 e il 18 ottobre. La seconda incursione causa il crollo della parte centrale dell’edificio.