Alla fine di agosto del 1943 sono incarcerati “per protezione” nella Rocca Malatestiana, allora carcere, i gerarchi fascisti riminesi Perindo Buratti, Giuffrida Platania, Valerio Lancia ed Eugenio Lazzarotto. Rimangono qui imprigionati fino all'arrivo dei tedeschi, per evitare il rischio di rappresaglie.
La Rocca viene bombardata il 28 dicembre 1943: fortunatamente viene colpita in maniera leggera, ma i resti del cassero e dell’antica “domus magna” malatestiana ne risentono profondamente. Nello scoppio viene scardinato il portone principale e dalla breccia scappano alcuni prigionieri, in particolare 6 ebrei (una famiglia ferrarese e tre donne – nonna, madre e figlia – originarie di Trieste) catturati dopo l'8 settembre. Riusciranno a trovare rifugio in case private e in istituti religiosi.
Dopo questo episodio le carceri sono spostate presso il Convento delle Grazie, dove troverà sede l'arma dei Carabinieri. Già nel 1945 la Rocca tornerà a essere utilizzata come prigione.