Durante il Ventennio San Francesco fu per anni un luogo ben noto ai tanti antifascisti rinchiusi tra le sue mura. Dopo l'8 settembre 1943 in centinaia transitarono per questo carcere: partigiani, ebrei, ex prigionieri alleati e renitenti, uomini e donne prelevati dalle loro case o catturati sui monti e nelle campagne, in attesa che venisse decisa la loro sorte.
Il 13 maggio 1944 i bombardieri alleati, durante un’incursione aerea, colpirono un’ala dell’edificio. Approfittando della breccia apertasi nella cinta muraria, numerosi prigionieri riuscirono ad evadere.
Quella stessa estate all’interno della struttura vennero fucilate tre guardie carcerarie - Gennaro Capuano, Enrico Marchesano, Giuseppe Patrone - che operavano clandestinamente in contatto con la Resistenza. La Brigata Nera, dopo averli arrestati, costrinse i loro stessi colleghi a formare il plotone d'esecuzione.
Oggi una targa all'esterno dell'edificio ricorda il loro sacrificio, unitamente a quello di Lodovico Freschi, commissario di polizia della Questura di Parma caduto anch’egli per la libertà.